hhhmmm, sprichst Du von einem "echten" Bass (Audio) oder von einem VSTi-Bass, der über MIDI angesteuert wird?
Deine beschrieben Vorgehensweise lässt mich schließen, dass Du von einem VSTi-Bass sprichst (evt. REX-Format)?
Habe zur Zeit ein ähnliches Problem mit einem Bass-Loop, den ich über den Stylus RMX abspiele, und bei dem ich nur an einigen Stellen die Tonhöhe ändern (pitchen) möchte. Habe das per Automation zunächst mit der Maus am Pitchknopf des Stylus (also ohne externen MIDI-Controller) einigermaßen hinbekommen und dann in einer VST-Instrumentenspur des Stylus RMX mit der Maus nachbearbeitet. Ging so, aber ich denke, da muss es noch irgendeinen passenden Editor im Cubase geben, mit dem man das ganze punktgenau per Text eingeben kann. Den werde ich auch noch entdecken

Vielleicht wäre es bei Dir auch ein Versuch wert, zunächst die Automation ebenfalls nur im Cubase intern (also per Maus) hinzubekommen, um zusätzliche Fehlerquellen durch den externen Controller mal auszuschließen.
immer schön "Schritt für Schritt und nicht nach unten kucken" (Zitat vom Esel aus Shrek)

Stefan